Drugi aspekt tej nauki dotyczy działalności i organizacji Kościoła. Po pierwsze: w protestantyzmie za jedyną głowę Kościoła chrześcijańskiego uznawany jest Jezus Chrystus, odrzuca się tym samym zwierzchnictwo papieża. Po drugie: duchowny w kościołach protestanckich nie spełnia funkcji kapłana, lecz pastora (duszpasterza), ministra ustanowień Chrystusowych oraz kaznodziei, co wiąże się z zasadą powszechnego kapłaństwa wszystkich wierzących.
Biblijne podstawy doktryny „10To niech wam wszystkim i całemu ludowi izraelskiemu wiadome będzie, że stało się to w imieniu Jezusa Chrystusa Nazareńskiego [...] 12I nie ma w nikim innym zbawienia; albowiem nie ma żadnego innego imienia pod niebem, danego ludziom, przez które moglibyśmy być zbawieni”. Dzieje Apostolskie 4:10.12, Biblia warszawska
„5Albowiem jeden jest Bóg, jeden też pośrednik między Bogiem a ludźmi, człowiek Chrystus Jezus”. 1. List do Tymoteusza 2:5, Biblia warszawska
„6Odpowiedział mu Jezus: Ja jestem droga i prawda, i żywot, nikt nie przychodzi do Ojca, tylko przeze mnie”. Ewangelia Jana 14:6, Biblia warszawska
„15Lecz abyśmy, będąc szczerymi w miłości, wzrastali pod każdym względem w niego, który jest Głową, w Chrystusa”.