Pod koniec wojny, wraz z wkroczeniem Wehrmachtu na teren Węgier 19 marca 1944, a następnie odsunięciem (15 października 1944) od władzy przez Niemców regenta Horthyego (po nieudanych próbach Horthyego zawarcia zawieszenia broni z aliantami zachodnimi), Szálasi został nominalną głową państwa z ramienia partii Strzałokrzyżowców (premierem wykonującym także uprawnienia regenta). Stało się to możliwe dzięki jego całkowitej lojalności wobec III Rzeszy. Będąc u władzy, umożliwił rozpoczęcie na szeroką skalę operacji eliminowania partii lewicowych oraz wznowienie wydawania Żydów Niemcom (Horthy zdaniem S. Żerki w 1944 wyrażał sprzeciw wobec wywożenia ludności żydowskiej do obozówS. Żerko, Biograficzny leksykon II wojny światowej, Poznań 2013, s. 396.). Wobec braku pociągów Żydów wysyłano w marsze śmierci. Szálasi kontynuował walkę u boku Wehrmachtu i Waffen-SS z wojskami rumuńskimi i radzieckimi w trakcie długotrwałych walk o Budapeszt zakończonych zdobyciem miasta przez Armię Czerwoną 13 lutego 1945.
W obliczu klęski III Rzeszy uciekł do Austrii w kwietniu 1945. Następnie został ujęty na terenie Niemiec przez Amerykanów i wydany Węgrom, gdzie został skazany na śmierć przez Trybunał Ludowy.