Przygotowania powstańcze szlachty wileńskiej denuncjował dowództwu stacjonujących w pobliżu Wilna wojsk rosyjskich. Jednak w czasie Sejmu Rozbiorowego w 1773 nosił się z zamiarem publicznego wystąpienia w obronie całości Rzeczypospolitej. Miał wówczas powiedzieć jeśli trzeba męczennika – będę nim. Królowi z trudem udało się odwieść biskupa od tego samobójczego czynu. Już wkrótce jednak Giedroyć stał się jednym z najzagorzalszych popleczników Rosji. Członek konfederacji Andrzeja Mokronowskiego w 1776 rokuVolumina Legum, t. VIII, Petersburg 1860, s. 527.. Dzięki poparciu Rosjan i króla został w 1778 biskupem żmudzkim. Członek Departamentu Sprawiedliwości Rady Nieustającej w 1779 rokuKALENDARZ polityczny dla Królestwa Polskiego y Wielkiego Xięstwa Litewskiego na rok pański 1779. w Warszawie, Nakładem y drukiem Michała Groella Księgarza Nadwornego J.K.Mci., [b.n.s.].. Na tym stanowisku ściągnął na siebie zarzuty chciwości w gromadzeniu beneficjów i promowania swoich krewnych Giedroyciów na stanowiska kościelne. Został konsyliarzem Rady Nieustającej w latach 1778 i 1780. Przez cztery lata zasiadał w jej Departamencie Skarbowym. Był członkiem konfederacji Sejmu CzteroletniegoKalendarzyk narodowy y obcy na rok... 1792..., Warszawa 1791, s. 308..