W sezonie 2005/2006 Navas stał się jednym z czołowych zawodników pierwszego zespołu Sevilli. W lidze rozegrał 35 meczów i zdobył w nich 2 gole, a ze swoim klubem zajął 5. miejsce. Równie dobrze spisywał się w Pucharze UEFA i zagrał tam w 11 meczach. 10 maja w Eindhoven zagrał w finale pucharu, był jednym z najlepszych piłkarzy na boisku i ze swoimi kolegami rozgromił angielski Middlesbrough FC 4:0. Po sezonie Navasem zainteresowały się czołowe kluby w Europie. Najbliżej transferu był Arsenal, jednak Jesús pozostał w Sewilli na kolejny rok.
Kontuzja wyeliminowała go z meczu o Superpuchar Europy z Barceloną, wygrany przez Andaluzyjczyków 3:0. W sezonie 2006/2007 Navas i Sevilla zdobyli Puchar UEFA po dramatycznym spotkaniu z Espanyolem w Glasgow, Jesus zdobył z Sevillą również 3. miejsce w Primera División.
22 grudnia 2024 rozegrał swój ostatni mecz w karierze piłkarskiej w barwach Sevilli przegranym 2:4 przeciwko Realowi Madryt i oficjalnie zakończył karierę piłkarską
Manchester City 11 czerwca 2013 podpisał kontrakt z Manchesterem City.