W grudniu 1251 Sambor II podarował Zantyr Zakonowi krzyżackiemu za pomoc przy budowie zamku tczewskiego i w Gorzędzieju. Inna wersja informuje o sprzedaży Krzyżakom grodu w Zantyrze przez Świętopełka II Wielkiego. W 1266 po śmierci Świętopełka Mściwoj II domagał się zwrotu Zantyru, nazywając Krzyżaków „żebrakami przypisującymi sobie prawo do grodu”. W 1275 roku Grzegorz X potwierdził posiadanie przez Krzyżaków wyspy Zantyr. thumb|Rekonstrukcja delty Wisły w 1300 roku z zaznaczoną lokalizacją Zantyru (autor Hugo Bertram, 1924). Około 1280 roku Krzyżacy zaczęli wznosić, częściowo z materiałów uzyskanych z rozbiórki starych zabudowań klasztornych grodu w Zantyrze, zamek w dolnym biegu Nogatu, który nazwali Marienburg (Malbork). Następnie przeniesiono do Malborka siedzibę komtura zantyrskiego i ośrodek zarządzania w Prusach Górnych, a potem stolicę państwa krzyżackiego.
Po powstaniu Malborka znaczenie Zantyru zaczęło maleć. W 1399 wyświęcono tam kościół. Jeszcze podczas wojny trzynastoletniej 1454–1466 prowadzono o niego walki. To była ostatnia wzmianka o tej miejscowości.