W 1600 roku Mikołaj Zebrzydowski, wojewoda krakowski, na pobliskim wzniesieniu Żar ufundował kościółek pw. Ukrzyżowania Jezusa Chrystusa, zbudowany według modelu przywiezionego w 1599 roku z Jerozolimy przez Hieronima Strzałę. Jak głosi legenda, decyzję wojewody miało ugruntować widzenie, w którym Mikołaj i jego żona Urszula ujrzeli przez okno lanckorońskiego zamku nad górą Żar trzy płonące krzyże unoszące się ku niebu. Kościółek ten został uroczyście konsekrowany przez nuncjusza papieskiego Klaudiusza Rangoniego 4 października 1601 roku, w obecności biskupa krakowskiego Bernarda Maciejowskiego. Kaplica pierwotnie miała służyć prywatnej pobożności, jednak wojewoda postanowił wybudować kaplicę Grobu Chrystusa oraz niewielki klasztor. Zebrzydowski 1 grudnia 1602 r. sporządził akt fundacyjny i przekazał część góry Żarek oraz miejsce pod budowę klasztoru bernardynom. W 1603 r. dokument zatwierdzony został przez biskupa krakowskiego i króla Zygmunta III. W latach 1604–1609 według projektu Jana Marii Bernardoniego wzniesione zostały kościół i klasztor. Kościół był konsekrowany w 1609 w dzień uroczystości św. Franciszka przez biskupa krakowskiego Piotra Tylickiego.