thumb|320px|Schemat procesu ubikwitynacji
Ubikwitynacja, ubikwityzacja – proces enzymatycznej modyfikacji potranslacyjnej białek następujący przez przyłączenie cząsteczek innego, małego białka, ubikwityny. Najczęściej zachodzi poprzez połączenie wiązaniem izopeptydowym karboksylowego końca ostatniego aminokwasu ubikwityny (glicyny 76) z łańcuchem bocznym lizyny obecnej w substracie. Proces ten zachodzi w komórce zarówno w cytoplazmie, jak i jądrze komórkowym. Odkrycie systemu ubikwitynacji w komórce zostało docenione poprzez przyznanie Nagrody Nobla Aaronowi Ciechanover, Avramowi Hershko i Irwinowi Rose z Chemii w 2004 roku.
Rodzaje ubikwitynacji monoubikwitynację, która polega na przyłączeniu monomerów ubikwityny do danego białka do pojedynczej reszty lizyny. multi-monoubikwitynacja polega na przyłączeniu pojedynczych cząsteczek w wielu miejscach białka. poliubikwitynację, polegającą na przyłączeniu polimerów (przynajmniej dimerów) ubikwityny do białka. Jest on przyłączany do jednej, konkretnej lizyny w strukturze białka. Może prowadzić do tworzenia łańcuchów prostych bądź rozgałęzionych.