W latach 1927–1939 mieszkała wraz z rodziną w Kazimierzu Dolnym. W tym czasie, w 1931 roku, zmarła jej matka (będąca inspiracją postaci Róży Żabczyńskiej z powieści Cudzoziemka), co bardzo mocno wstrząsnęło Kuncewiczową. Niedługo po tym, w maju tego roku, zachorował i zmarł jej ojciec, a sześć lat później – jej brat. W 1933 roku wydany został zbiór opowiadań Dwa księżyce, których akcja rozgrywa się w bliskim dla Marii Kazimierzu Dolnym.
Po wybuchu II wojny światowej w 1939 roku wraz z mężem opuściła Polskę, co stanowiło początek jej długiej emigracji. Mieszkali we Francji do 1940 roku, po czym przedostali się do Anglii, gdzie zaczęła pracować jako zastępcza prezes w nowo utworzonym oddziale PEN-Clubu. W roku 1955 wyjechała do USA, gdzie wykładała literaturę polską na University of Chicago. W 1956 roku współpracowała z Radiem Wolna Europa.
Od roku 1962 znów zamieszkała w Kazimierzu nad Wisłą, zaś w latach 1970–1984 miesiące zimowe spędzała we Włoszech.
Jej najbardziej znane dzieło to powieść Cudzoziemka, uważana za jedną z najwybitniejszych powieści psychologicznych dwudziestolecia międzywojennego. Kuncewiczowa opracowała też anglojęzyczny przewodnik po literaturze polskiej The Modern Polish Prose (1945) oraz antologię polskiej literatury współczesnej w języku angielskim The Modern Polish Mind (1962).