Jan z Würzburga, który pielgrzymował do Jerozolimy około 1170 roku, opisywał trzynawowy kościół z trzema półkolistymi absydami. Jedna z nich (północna) była miejscem upamiętniającym śmierć Najświętszej Maryi Panny, a północna była czczona jako miejsce, w którym Jezus ukazał się uczniom po zmartwychwstaniu. Główna absyda była poświęcona Pięćdziesiątnicy, a w znajdującej się pod nią krypcie wspominano obmycie nóg apostołom. Po południowej stronie centralnej kopuły znajdowała się sala na górze. Prawdopodobnie w XII wieku dobudowano kaplice św. Tomasza i św. Szczepana. Przy sanktuarium funkcjonował klasztor augustianów. W 1187 roku zabudowania sanktuarium zostały prawdopodobnie zniszczone i w takim stanie pozostawały przez około 50 lat. thumb|Cenotaf grobowca Dawida na tle wschodniej i południowej ściany budowli – jednych z niewielu pozostałości po kościele Świętego Syjonu z I wieku