On to nadał Emilii Plater honorowy stopień kapitana i powierzył jej dowództwo 1 kompanii 1 Pułku Piechoty Litewskiej, przemianowanego następnie na 25 Pułk Piechoty Liniowej (i jednocześnie zaproponował Emilli powrót do domu, którego kategorycznie odmówiła).
Gdy jej pułk 27–28 czerwca toczył ciężkie i zakończone niepowodzeniem walki o utrzymanie Kowna, Emilia Plater na czele swojej kompanii zdobyła Rosienie (25 czerwca), ubezpieczając tym samym flankę całej operacji. Reorganizowane resztki 25. pułku, eskortujące wozy z zaopatrzeniem dla armii Giełguda wpadły następnie w zasadzkę pod Szawlami i tylko cudem uniknęły rozbicia. Emilia wykazać miała się tam szczególnym męstwem i odwagą. 9 lipca, na naradzie wojennej w Kurszanach, postanowiono podzielić siły polskie na 3 korpusy. Emilia Plater znalazła się pod dowództwem gen. Chłapowskiego.
Kiedy ten ostatni postanowił złożyć broń i przekroczyć granicę Prus Wschodnich oświadczyła: Lepiej byłoby umrzeć, niż skończyć takim upokorzeniem. W celu kontynuowania walki postanowiła wraz z Raszanowiczówną i kuzynem Cezarym Platerem przedostać się do Warszawy.