Zofia Zielińska, Poniatowski Michał Jerzy, „Polski Słownik Biograficzny”, XXVII, Wrocław 1983, s. 459.. Kwestię szczupłych dochodów Akademii, niechętny zakonom Poniatowski rozwiązywał m.in. w drodze sekularyzacji dóbr klasztornych. Prymas Michał Jerzy Poniatowski przeprowadził w latach 80. XVIII wieku pierwsze kasaty klasztorne na ziemiach RzeczypospolitejMarek Derwich, Klasztory i mnisi, Wrocław 2004, s. 191.. Budziło to jednak sprzeciw wielu gorliwych obrońców katolicyzmu i przyczyniało się do znacznego obniżenia jego popularności jako polityka.
Objąwszy zarząd diecezji płockiej, Poniatowski przeprowadził szereg reform dotyczących kształcenia duchownych (reforma studiów seminaryjnych, obowiązek odbywania rekolekcji i kongregacji dekanalnych) oraz regulacji prawnych w zakresie administracji parafialnej, opieki duszpasterskiej i życia religijnego. Występował za ograniczeniem czysto zewnętrznych form kultu religijnego na rzecz rozwijania wrażliwości moralnej wiernych i przywrócenia właściwego znaczenia Ewangelii, traktowanej jako główne źródło doktryny chrześcijańskiej.