Pod koniec sierpnia 44 roku p.n.e. Brutus opuścił Italię i zebrał w Grecji resztki wojsk Pompejusza, rozproszone po bitwie pod Farsalos. Do swojego sztabu przyjął wielu młodych Rzymian studiujących w Atenach, między innymi syna Cycerona, a także początkującego poetę Kwintusa Horacego Flakkusa. Na czele tej zaimprowizowanej armii Brutus zagroził wojną namiestnikowi Macedonii i bez oporu zajął tę prowincję, a potem przeciągnął na swoją stronę oddziały rzymskie w Ilirii. W styczniu 43 roku p.n.e., po krótkim oblężeniu, zdobył Apollonię.
W lutym, na wniosek Cycerona, otrzymał od senatu oficjalną nominację na namiestnika Macedonii i Illyricum. Za zwycięstwo nad trackim plemieniem Besów wojsko obwołało go imperatorem. Jako namiestnik emitował monety prokonsularne, opatrzone napisem nawiązującym do zamachu na Cezara (Idibus Martiis) oraz wizerunkiem tak zwanej czapki wolności (którą nosili niewolnicy podczas ceremonii wyzwalania) między dwoma obnażonymi sztyletami.