21 czerwca 1991 roku ojciec Theron, alkoholik, groził nastoletniej Charlize i jej matce, po czym zaatakował je i wystrzelił do nich z broni. Matka Theron zastrzeliła mężczyznę za pomocą własnego pistoletu. Zastrzelenie zostało prawnie uznane za samoobronę i matka Charlize nie została o nic oskarżona.
Theron uczęszczała do szkoły podstawowej Putfontein (Laerskool Putfontien)Charlize Theron & David Oyelowo Answer the Web's Most Searched Questions | WIRED Wired. 2018. [dostęp 16.05.2020] – poprzez YouTube (ang.).. Był to okres w jej życiu, w którym jak sama określiła, „nie pasowała” do swoich rówieśników. W dzieciństwie często cierpiała z powodu żółtaczki. Przepisane jej antybiotyki sprawiły, że jej górne przednie mleczne zęby zaczęły gnić i musiały zostać operacyjnie usunięte, zaś stałe zęby nie wyrosły jej do około dziesiątego roku życiaCharlize Theron on Missing Her Front Teeth and Wearing Cutlets | Screen Tests | W Magazine. W magazine. 19 June 2013. [dostęp: 16.05.2020] – poprzez YouTube (ang.).. W wieku trzynastu lat została wysłana do szkoły z internatem i rozpoczęła naukę w National School of the Arts w Johannesburgu"Charlize Theron". Inside the Actors Studio. Sezon 10. Odcinek 8. 18 Stycznia 2004. Bravo. (ang.)..