Po przejściu na emeryturę przez kilka miesięcy prowadził placówkę Uniwersytetu Ludowego w Iłowej (w powiecie żagańskim), po czym przyjął propozycję pracy w Muzeum Martyrologii w Oświęcimiu, w dziale naukowo-oświatowym. Następnie przez kilka miesięcy pracował jako zastępca dyrektora w Uniwersytecie Ludowym w Wierzchosławicach koło Tarnowa, a w lipcu 1959 roku kierował kursem pedagogicznym pod Warszawą. We wrześniu 1958 państwo Kretowie osiedlili się w Krzeszowicach. Zofia podjęła pracę w Liceum Pedagogicznym w Cieszynie, a Józef w 1959 na prośbę władz Związku Młodzieży Wiejskiej założył uniwersytet ludowy w Rudzińcu koło Gliwic i tam przebywał do 1962. Po wyjeździe z Rudzińca Józef Kret przebywał kilka lat w Krzeszowicach, ucząc jeszcze w tamtejszym Liceum Pedagogicznym, po czym przeniósł się wraz z żoną do Krakowa. Tu poświęcił się pracy społecznej w kręgach harcerskich, pisaniu wspomnień i publicystyce. Po kilku latach, ze względu na zły stan zdrowia Józefa, rodzina przeniosła się do niewielkiego domu w Naprawie w Beskidzie Wyspowym, na stoku Lubonia Małego. Tu Józef Kret zmarł w roku 1982. Pochowany na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.