W 1897 roku na Pierwszym Kongresie Syjonistycznym w Bazylei odbyła się dyskusja na temat utworzenia uczelni. Theodor Herzl, twórca ruchu syjonistycznego uzyskał od Abdula Hamida, ówczesnego władcy Imperium Osmańskiego, zgodę na utworzenie tej uczelni. Jednak dopiero we wrześniu 1913 roku na Jedenastym Kongresie Syjonistycznym, który odbył się w Wiedniu, zapadła oficjalna decyzja o utworzeniu Uniwersytetu Hebrajskiego w Jerozolimie. Jednym z orędowników utworzenia uniwersytetu był Chaim Weizman, przyszły pierwszy prezydent Izraela. Jego organizacją, początkowo w formie letnich kursów uniwersyteckich, zajął się Martin Buber, który namówił wielu wybitnych naukowców pochodzenia żydowskiego z Europy do uczestniczenia w tworzeniu. Między innymi uczestniczył w nich Albert Einstein, który później brał udział w pracach przygotowujących program studiów i wygłosił kilka inauguracyjnych wykładów na wydziale fizyki.