7 listopada skapitulował ostatni polski garnizon przebywający na Kremlu.
W 1613 Sobór Ziemski, zwołany w Moskwie przez mieszczan i szlachtę rosyjską, wybrał na cara księcia Michała Romanowa. Dał on początek nowej dynastii Romanowów, panującej w Rosji do 1917 i zakończył okres Wielkiej Smuty.
Rządy Piotra I W 1712 Piotr I przeniósł stolicę z Moskwy do Petersburga, nowo powstałego miasta nad Newą. Moskwa pozostała jednak centralnym ośrodkiem imperium i nadal się rozwijała. W 1755 z inicjatywy Michaiła Łomonosowa założono w Moskwie pierwszy rosyjski uniwersytet, noszący obecnie jego imię.
XIX w. – do 1917 r. W 1812 Moskwę okupowała Wielka Armia napoleońska. Przed tym ludność opuściła miasto i pozostało zaledwie 6,2 tys. mieszkańców – 2,3% populacji przedwojennejAlexander M. Martin. The Response of the Population of Moscow to the Napoleonic Occupation of 1812 // The military and society in Russia: 1450–1917. Edited by Eric Lohr and Marshall Poe. (History of warfare. – Vol. 14.). – Leiden: Brill, 2002. – PP. 469–489.. Moskwa straciła znaczną część historycznych budowli, zwłaszcza drewnianych – spłonęły budynek uniwersytetu, biblioteka Buturlina, teatry Pietrowski i Arbacki.