Dzięki długim okresom pokoju w początkowej historii Księstwa Moskiewskiego szybko wzrastała liczba ludności miasta.
Stolica Wielkiego Księstwa Z walk o sukcesję po Aleksandrze Newskim na Rusi zwycięsko wyszło niewielkie Księstwo Moskiewskie, w którym od 1263 na tronie zasiadał najmłodszy syn Aleksandra, Daniel, założyciel moskiewskiej linii Rurykowiczów. Za panowania Daniela wybudowano w Moskwie m.in. Monaster Daniłowski (1300) – obecnie jedną z rezydencji patriarchów Moskwy i Wszechrusi.
W 1325 metropolita Rusi Piotr przeniósł swą siedzibę z Włodzimierza (dokąd wcześniej była przeniesiona z Kijowa) do Moskwy. W 1328 wielki książę włodzimierski, Iwan I Kalita, przeniósł na stałe do rodzimej Moskwy także stolicę wielkiego księstwa, co dało początek Wielkiemu Księstwu Moskiewskiemu. Prestiż miasta w owym czasie nieustannie wzrastał. Książęta moskiewscy jako spadkobiercy Wielkiego Księstwa Włodzimierskiego posiadali zwierzchnictwo nad pozostałymi księstwami ruskimi. W mieście osiedlała się ruska inteligencja (duchowieństwo, bojarzy) m.in. z Kijowa i Włodzimierza. Iwan Kalita ufortyfikował Moskwę i otoczył kreml nową, dębową palisadą, a także ufundował m.in. kamienny Sobór Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny (1326).