Podczas II wojny światowej Wadowice były pod okupacją niemiecką. Administracyjnie zostały włączone do III Rzeszy. W tym okresie obowiązywała nazwa Wadowitz. Planowane wprowadzenie starej (pochodzącej z okresu lokacji miasta) nazwy Frauenstadt nie doszło do skutku. 26 stycznia 1945 roku oddziały 38 Armii 4 Frontu Ukraińskiego wyparły wojska niemieckie z Wadowic (na cmentarzu znajdują się mogiły ok. 1500 żołnierzy radzieckich).
W okresie okupacji w Wadowicach powstało getto dla ludności żydowskiej, zlikwidowane przez Niemców 10 sierpnia 1943 roku.
6 kwietnia 1945 Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego utworzyło Centralne Obozy Pracy. Obóz pracy nr 181 powstał w Wadowicach.
W 1975, w wyniku reformy administracyjnej, Wadowice przestały pełnić funkcję stolicy powiatu. W latach 1975–1998 miasto leżało w województwie bielskim. 16 października 1978 wadowiczanin kardynał Karol Wojtyła wybrany został papieżem. Jan Paweł II odbył trzy pielgrzymki do miasta: w 1979, 1991 i 1999.