Systematyka i ewolucja Pochodzenie amfisben jest niejasne. Analizy morfologiczne łączą je z innymi beznogimi łuskonośnymi – wężami i Dibamidae, jednak badania molekularne sugerują, że nie są one ze sobą blisko spokrewnione, a podobieństwa pomiędzy przedstawicielami tych trzech grup są wynikiem konwergencji. Jako najbliższych krewnych amfisben najczęściej podają jaszczurkowate (Lacertidae). Ponadto pewne dane morfologiczne, takie jak skamieniałości eoceńskiej Cryptolacerta czy kredowej Slavoia, także wspierają teorię o bliskim pokrewieństwie amfisben z Lacertidae. Potencjalnemu kladowi obejmującemu Amphisbaenia i Lacertidae w 2005 roku Vidal i Hedges nadali nazwę Lacertibaenia.
Niektóre z analiz molekularnych wskazują też na parafiletyzm amfisben, ponieważ Rhineuridae miałyby stanowić grupę zewnętrzną dla kladu łączącego pozostałe amfisbeny i Lacertidae – może być to jednak wynikiem efektu long branch attraction.
Analizy wykorzystujące zegar molekularny sugerują, że amfisbeny powstały w okresie kredy, prawdopodobnie około 122 mln lat temu.