Zbiory specjalne i kolekcje Obok gromadzonej na bieżąco podstawowej literatury, niezbędnej do pracy naukowej, studiowania, bądź zgłębiania i poszerzania wiedzy botanicznej, Biblioteka posiada także bogaty dział starodruków, spośród których do najcenniejszych zaliczyć należy: Fries E. – Observationes Mycologicae. Havniae, 1815 De Lamarck J. B., De Candolle A. P. – Synopsis Plantarum in Flora Gallica Descriptarum. Paris, 1806. Linne C. – Systema Plantarum Europae [...]. T. I-III. Coloniae 1785. Lonicer Adam – Vollständiges Kräuter-Buch oder das Buch über der Reiche der Natur. Augsburg, 1793; Za niezwykle cenne należy uznać herbarze, będące zarazem najstarszymi drukowanymi księgami przyrodniczymi w Bibliotece, jak i polonica botaniczne, których zbiór obejmuje prace XVIII- i XIX-wiecznych klasyków botaniki polskiej, m.in. Feliksa Berdaua, W. S. J. G. Bessera, Krzysztofa Kluka, Józefa Jundziłła, Stanisława Bonifacego Jundziłła, Mariana Raciborskiego. Jedną z najciekawszych kolekcji stanowią stare podręczniki botaniczne autorstwa Krzysztofa Kluka, Karola Linneusza, Edwarda Strasburgera, Józefa Rostafińskiego, Richarda Wettsteina, Dezyderego Szymkiewicza i in. Dopełnieniem bogactwa kolekcji jest zbiór starych flor, z których najcenniejsza jest pierwsza flora Tatr G.