Na przełomie lat 2001/2002, dzięki staraniom obecnego Dyrektora Instytutu Botaniki PAN, prof. dr hab. Zbigniewa Mirka, Biblioteka przeprowadziła się do nowego budynku, wybudowanego na tyłach kompleksu budynków przy ul. Lubicz 46. Na dwóch piętrach rozlokowano: przestronną wypożyczalnię wraz z czytelnią i katalogami, pomieszczenia dla pracowników oraz nowoczesny magazyn zbiorów, wyposażony w szafy kompaktowe. Jednocześnie Biblioteka opuściła dotychczas zajmowane pokoje i magazyny, pozostawiając w jednym z pomieszczeń starodruki i polonica, a w sali posiedzeń Instytutu tzw. księgozbiór podręczny, z najcenniejszymi florami, encyklopediami, słownikami przyrodniczymi, informatorami i in., stanowiącymi dopełnienie naukowego klimatu tego pomieszczenia.
Wypożyczalnia Z początkiem lat sześćdziesiątych, w jednym z pomieszczeń, będącym równocześnie miejscem pracy dla trzech osób, urządzono wypożyczalnię wyposażoną w półki na karty książek, drewniane regały na wydawnictwa zamówione bądź oczekujące na czytelników po wystawie i ladę do obsługi czytelników.