Biblioteka Instytutu Botaniki – w 1953, równocześnie z powstaniem Zakładu Botaniki PAN, staraniem profesora Władysława Szafera, powołana została biblioteka, która w połączeniu z już istniejącą biblioteką Katedry Systematyki i Geografii Roślin i Ogrodu Botanicznego UJ, dała podwaliny do stworzenia wspólnej, największej specjalistycznej biblioteki botanicznej w Polsce. Do 31 maja 2017 r. Biblioteka stanowiła wspólną jednostkę dla dwóch niezależnych instytutów – Instytutu Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk i Instytutu Botaniki Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.
Lokalizacja Magazyny zbiorów W początkowym okresie istnienia wspólnej Biblioteki znalazła ona swoje lokum w starym dwukondygnacyjnym budynku przy ul. Lubicz 46. W listopadzie 1955 bibliotekę przeniesiono do dobudowanej części budynku, urządzając ją na pierwszym piętrze w pomieszczeniu będącym równocześnie salą posiedzeń dla celów wewnętrznych Instytutu Botaniki PAN (wówczas Zakładu Botaniki).