Opuścił ją jednak w 2001 i powrócił do San Diego by reaktywować zespół.
Frail Words Collapse (2003–2005) W marcu 2003 zespołowi został zaproponowany kontrakt przez wytwórnię Metal Blade Records. W lipcu tego roku premierę miał album Frail Words Collapse, który osiągnął 30. pozycję na liście Billboard Independent Albums oraz 41. pozycję na liście Top Heatseekers. Płyta była promowana dwoma teledyskami do utworów „94 Hours” i „Forever” oraz koncertami wraz z grupami Himsa, Shadows Fall, The Black Dahlia Murder, Killswitch Engage, In Flames, Sworn Enemy oraz Hatebreed. Po latach Lambesis określił ten materiał jako najgorszy album w dyskografii grupy (z uwagi na niedopracowanie, pośpiech w tworzeniu), mimo że została przyjęta entuzjastycznie przez krytyków i odbiorców.
Shadows Are Security (2005–2006) W styczniu 2005 grupa weszła do studia Big Fish w Encinitas (Kalifornia), aby nagrać swój trzeci studyjny album. Płyta zatytułowana Shadows Are Security ukazała się w czerwcu 2005. Wydawnictwo zadebiutowało na pierwszym miejscu zestawienia Billboard Independent Albums. Był to pierwszy album zespołu, który dostał się na listę Billboard 200 na 35 pozycji.