Systematyczny rozwój osady górniczej zahamował najazd tatarski, który zniszczył Kraków oraz okolice. Od połowy XIII w. produkcja soli w Wieliczce polegała na wygotowywaniu ze słonej wody proszku solnego. Lecz źródła solankowe w następstwie nadmiernej eksploatacji zaczęły się wyczerpywać, dlatego przystąpiono do pogłębiania tych źródeł, czyli studzien. W 1252 odkryto pokłady soli kamiennej i od tej pory zaczęto wydobywać sól metodą głębinową. W 1289 Henryk Prawy będący ówczesnym panem ziemi krakowskiej, wydał dokument zezwalający braciom Jeskowi (Jescho) i Hysinboldowi (Izynbold/Isenbold) założyć w Wieliczce miasto na prawie frankońskim. W 1290 książę Przemysław II nadał Wieliczce prawa miejskie. Pod koniec XIII w. zostało również założone przedsiębiorstwo Żup Krakowskich, obejmujące saliny i warzelnie w Wieliczce i Bochni – jedno z najbardziej dochodowych i najdłużej działających przedsiębiorstw w Polsce. W samym XIV w. Żupy zaopatrywały 1/3 dochodów skarbu państwa. W 1311 za panowania Władysława Łokietka pełniący obowiązki wójta Gerlach von Kulpen przyłączył się do buntu wójta Alberta. Po stłumieniu buntu wójt uciekł na Śląsk, gdzie dalej urzędował jako włodarz Wieliczki. We wcześniejszych latach na terenie Wieliczki osiedlali się niemieccy górnicy. Spowodowało to zastąpienie łaciny przez język niemiecki.