W sumie w barwach Chiefsów rozegrał przeszło 380 spotkań ligowych i pucharowych, strzelając w nich 74 bramki.
Po przywróceniu RPA do FIFA w roku 1992, Khumalo był jednym z zawodników, którzy otrzymali powołanie do reprezentacji RPA na pierwszy oficjalny mecz narodowy, rozegrany w tym samym roku z Kamerunem. 'Bafana Bafana' wygrali 1-0, a decydującą bramkę z rzutu karnego zdobył niezawodny Khumalo. Również w Pucharze Narodów Afryki w roku 1996, w którym zawodnicy z RPA triumfowali, Doctor był jednym z ważniejszych zawodników. Brał również udział w Mistrzostwach Świata 1998, jednak zagrał tam tylko w jednym meczu – przeciwko Arabii Saudyjskiej, zmieniając w 67. minucie meczu Quintona Fortune. W sumie w trykocie reprezentacyjnym widziano go 50 razy. W dwóch spotkaniach pełnił obowiązki kapitana, zaś jego dorobek strzelecki w kadrze zamknął się na 9 trafieniach.