W zakresie obowiązków i odpowiedzialności Dowódcy Bazy i Etapów APW było: szkolenie uzupełnień, dbanie o bezpieczeństwo i dyscyplinę, zaopatrzenie, stan higieny i lecznictwo. Etat Dowództwa BiE APW to; 179 oficerów, 153 podoficerów, 114 szeregowców, 69 ochotniczek PSK. Faktyczne rozpoczęcie funkcjonowania dowództwa Bazy i Etapów rozpoczęło się 18 maja 1943. Miejscem stacjonowania Dowództwa BiE APW był garnizon Quizil Ribat. Dowódcą został mianowany gen. bryg. Józef Wiatr. Wcześniej postawione zadania uzupełnił podczas swojej wizyty w APW Naczelny Wódz gen. broni Władysław Sikorski w czerwcu 1943 o następne zadania, to jest o wysoki poziom wyszkolenia oddziałów zapasowych i funkcjonowanie CWA oraz o szkolenie kadry potrzebnej do powojennego odbudowania zniszczonego wojną kraju. Po utworzeniu Dowództwa BiE dokonano niezbędnych zmian organizacyjnych w podległych dowództwu bazy jednostkach.
Na podstawie wytycznych NW gen. broni Władysława Sikorskiego, z końca czerwca 1943 wprowadzono reorganizację w składzie APW. Z dniem 21 lipca 1943 z części bojowej APW niezbędnych służb sformowano i wyodrębniono II Korpus Polski w myśl rozkazu Dowództwa APW L.dz.226/Tj./S.S.(SD)43 z 6 lipca 1943.