Koszka z zarzutu zdrady został oczyszczony, świadczy o tym jego udział w bitwie pod Bukowem (nie wiadomo czy tam dowodził), w której rozgromiono armię Michała Walecznego. Na pewno zimą 1601 Koszka znów dzierżył buławę hetmańską.
Jego polityka współpracy z Rzecząpospolitą przyniosła pewne efekty, sejm zniósł banicję za udział w powstaniach, jednak pod warunkiem udziału kozaków w wojnie ze Szwecją. Nie dotrzymanie części umów sprzed wyprawy mołdawskiej spowodowało wrzenie na Siczy, Koszka zmagał się z silną opozycją. Trzykrotnie rada kozacka odmawiała udziału w wojnie ze Szwecją. Ostatecznie zwyciężyło stronnictwo współpracy z Rzecząpospolitą. Na wyprawę Zamoyskiego do Inflant Koszka poprowadził latem 1601, 2000 piechoty, 400 konnych i 12 dział. Od 31 października wojsko zaporoskie brało udział w oblężeniu Wolmaru. Po zdobyciu twierdzy (21 grudnia 1601) Zaporożcy brali udział w pościgu za wycofującymi się do Tartu wojskami szwedzkimi.