Po interwencji kierownika Urzędu do Spraw Wyznań Jerzego Kuberskiego, mającej miejsce w nocy z 16 na 17 grudnia 1981, nakazał wstrzymać publikację opracowanego przez hierarchów Kościoła katolickiego komunikatu krytycznego wobec wprowadzenia stanu wojennego. 17 grudnia 1981 powołał Prymasowski Komitet Pomocy Osobom Pozbawionym Wolności i ich Rodzinom. W końcu lat 80. poparł ideę Okrągłego Stołu, mianując na przedstawicieli Kościoła przy nim księży Bronisława Dembowskiego i Alojzego Orszulika. Dzięki m.in. jego staraniom 17 maja 1989 została przyjęta ustawa o stosunkach między państwem a Kościołem, porządkująca obustronne relacje, a także umożliwiająca Kościołowi w Polsce pełną swobodę działania. Gdy kilka miesięcy później Polska i Stolica Apostolska ustanowiły pełne stosunki dyplomatyczne, dokonując wymiany przedstawicieli w osobach ambasadora i nuncjusza, utracił wszelkie uprawnienia należne oficjalnemu przedstawicielowi papieża w kraju. Przyczynił się do podpisania i ratyfikacji konkordatu. Wspierał przystąpienie Polski do Unii Europejskiej.