Ludobójstwo zakończyło się, gdy Rwandyjski Front Patriotyczny zdominowany przez Tutsi pod dowództwem Paula Kagame obalił rząd Hutu i przejął władzę. Blisko dwa miliony Hutu, obawiając się odwetu Tutsi, uciekło przez granice do Burundi, Tanzanii, Ugandy i Zairu (obecnie Demokratyczna Republika Konga). Pamięć ludobójstwa i nienawiść etniczna rozlała się na obszar Kongo, wywołując pierwszą i drugą wojnę domową w Kongo. Wpłynęła też na rozwój wojny domowej w Burundi.
Rys historyczny Prawdopodobnie w XV wieku klany Tutsi połączyły się, tworząc Królestwo Rwandy, które rządziło regionem przez kolejne stulecia. Chociaż niektórzy Hutu piastowali wysokie stanowiska, generalnie stanowiąca 82–85% ludności większość Hutu była trwale odsunięta od władzy. W drugiej połowie XIX wieku nastąpiła redystrybucja własności ziemi, w wyniku której wszyscy właściciele ziemscy zaliczani do ludu Hutu musieli płacić daniny ustanowionym nad nimi zarządcom Tutsi. W tym samym czasie Rwanda prowadziła podboje, nadając wszystkim podbijanym grupom etnicznym status Hutu. Tym samym podział na Hutu i Tutsi stał się bardziej związany z pozycją społeczną, niż z pochodzeniem etnicznym.