Zaakceptował wraz z nimi honorowe warunki zaproponowane przez Antoniusza i przyłączył się do jego sił. Wkrótce widząc zgubny wpływ Kleopatry na Antoniusza i przewidując jego porażkę, po raz kolejny zmienił front, przyłączając się do Augusta. Oddał mu znaczne usługi w walkach na Sycylii w 36 p.n.e., w wojnie z alpejskim plemieniem Salassenów w 34 p.n.e., w bitwie pod Akcjum w 31 p.n.e. Dekretem senatu Antoniuszowi odebrano konsulat i na wakujące miejsce jako konsul zastępczy (‘consul suffectus’) został wybrany Messala. Pod Akcjum dowodził centrum floty, a potem na Wschodzie likwidował pozostałości sił Antoniusza. W latach 28–27 był namiestnikiem Akwitanii w randze prokonsula, za swoje osiągnięcia w tej prowincji uzyskał triumf. Potem był prefektem w Azji Mniejszej. W 30 p.n.e. był wnioskodawcą przyznania przez senat Augustowi tytułu „Ojca ojczyzny” (‘Pater Patriae’). W 27 p.n.e. wycofał się z życia publicznego i zajmowania jakichkolwiek stanowisk, z wyjątkiem członkostwa w kolegium augurów.