Objął on stanowisko po swoim zmarłym ojcu, Rulonie Jeffsie.
W 2002 roku Warren Jeffs nakazał wszystkim dzieciom z FLDS uczyć się w domu.
W 2005 roku władze Arizony oskarżyły Warrena Jeffsa o wykorzystywanie seksualne dzieci. Ponadto Jeffs został oskarżony także o dwa gwałty i zaaranżowanie małżeństwa między czternastolatką a jej dziewiętnastoletnim kuzynem. 6 maja 2006 roku znalazł się na liście dziesięciu najbardziej poszukiwanych przestępców przez Federalne Biuro Śledcze (FBI). Za pomoc w jego ujęciu wyznaczono nagrodę 100 tys. dolarów. Został oskarżony za napaść seksualną w 2002 roku. Został ujęty 28 sierpnia 2006 roku podczas kontroli drogowej w Las Vegas. W chwili zatrzymania znaleziono u niego kilka telefonów komórkowych, peruki, przebrania i 55 tys. dolarów w gotówce. 4 grudnia 2007 roku Warren Jeffs zrzekł się funkcji Prezydenta Kościoła. 9 sierpnia 2011 roku Warren Jeffs został skazany na dożywotnie pozbawienie wolności za napaść seksualną na nieletnich.
W 2006 roku Kościół Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich, największa denominacja ruchu świętych w dniach ostatnich, oświadczyła, że nazywanie Warrena Jeffsa mormonem jest niepoprawne.
Od 2010 prezydentem Kościoła jest Wendell Nielson.
Doktryna