W kolejnym roku został przesunięty na stanowisko głównego trenera w stowarzyszeniu sportowym „Dynamo” (zrzeszającym wszystkie kluby Dynamo w ZSRR, związane z KGB). Później powrócił do Mińska, ale nie powtórzył sukcesów z początku lat 80.

Po rozpadzie Związku Radzieckiego prowadził mniej znane zespoły z Białorusi i Rosji, występujące głównie w niższych ligach. Parokrotnie udało mu się wprowadzić prowadzone przez siebie drużyny do wyższych klas rozgrywkowych. Przed rozpoczęciem eliminacji do World Cup 2002 objął funkcję selekcjonera białoruskiej drużyny narodowej. Prowadzona przez niego reprezentacja, rywalizująca m.in. z zespołem Polski, w ostatniej kolejce meczów przegrała walkę o drugie miejsce w grupie premiowane awansem do baraży na rzecz Ukrainy. Małofiejew popadł w konflikt z liderami drużyny, występującymi w kijowskim Dynamie Walancinem Bialkiewiczem i Alaksandrem Chackiewiczem. W 2003 stracił stanowisko.