W 1434 roku kardynał Zbigniew Oleśnicki nadał 40 dni odpustu wiernym odwiedzającym kościół św. Bartłomieja i kościół klasztorny w Mogile. Dokumentem z 12 maja 1442 roku zezwolił zakonnikom mogilskim udzielać sakramentów chrztu i małżeństwa w kościele parafialnym św. Bartłomieja w Mogile.
W roku 1466 – być może po pożarze – kościół został wzniesiony na nowo. Na polecenie opata Piotra Hiszberga z Biecza budowę prowadził królewski cieśla i snycerz Maciej Mączka. Przypomina o tym dedykacja, wyrzeźbiona w dębowym, bogato zdobionym dekoracją roślinną, ostrołukowym, gotyckim portalu kościoła: [SUB] ANNO. DOMINI. MCCCC. LXVI. AD HON [OREM DEI ET] REGINE. COELORUM. MTHIAS. MANCZKA. F.. Kościół był jednonawowy, przykryty gontem od dachu aż po podmurówkę. Uroczystej konsekracji dokonał biskup Jan Rzeszowski w 1475 roku.