Osiągnięcia w piłce klubowej sprawiły, że w 1988 w wieku czterdziestu jeden lat został selekcjonerem reprezentacji Urugwaju.

W ciągu dwu lat pracy awansował z nią do Mundialu 1990 oraz – po porażce w finale z Brazylią – doprowadził do II miejsca na Copa América 1989. W eliminacjach do mistrzostw świata Urugwajczycy wygrali z Boliwią i Peru, a tuż przed rozpoczęciem mundialu w spotkaniach towarzyskich zremisowali z Niemcami (3:3) i ograli Anglików w Londynie (2:1). Obserwatorzy podkreślali, że selekcjoner zrezygnował ze sztywnej taktyki na rzecz większego luzu i improwizacji, dzięki czemu gra jego piłkarzy była znacznie bardziej efektowna niż poprzednioRoman Hurkowski pisał przed Mundialem 1990: „Ten 43-letni mężczyzna, wcześniej architekt sukcesu Penarolu w Copa Libertadores '87, zupełnie zmienił metody pracy z reprezentacją. Dał swoim wybrańcom szeroki margines swobody, by na boisku mogli maksymalnie wykorzystać swe nieprzeciętne umiejętności. I pozbawieni pseudotaktycznych gorsetów, futbol techniczny przedkładający nad siłowy, poczęli wreszcie Urugwajczycy spisywać się na miarę oczekiwać swych sympatyków”. R. Hurkowski. Ruben – Enzo – Ruben. „Piłka Nożna”, 29 maja 1990, nr 22, s. 9.. Jednak na samym turnieju drużyna, w której grali wtedy m.in.