Latem 2006 Włoch powrócił na San Siro.
21 grudnia tego samego roku po meczu z Romą u piłkarza wykryto obecność środków dopingujących – predinzonu i prednizolu. Borriello został zdyskwalifikowany na 4 miesiące, po odbyciu kary powrócił do Milanu, a 21 czerwca połowę praw do jego karty wykupiła Genoa CFC. W nowym klubie włoski zawodnik imponował skutecznością, a 26 września 2007 strzelił hat-tricka w wygranym 3:2 pojedynku z Udinese Calcio. W rewanżu rozegranym 24 lutego 2008 Borriello ponownie strzelił 3 bramki, a Genoa zwyciężyła 5:3. Włoch sezon 2007/2008 zakończył z 19 trafieniami na koncie i po Alessandro Del Piero oraz Davidzie Trezeguet zajął 3. miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców. Genoa zajęła 10. miejsce w ligowej tabeli.
29 maja 2008 Borriello po raz kolejny powrócił do Milanu. "Rossoneri" zapłacili klubowi z Genui 10 miliona euro oraz oddali im połowę praw do karty zawodniczej Davide Di Gennaro. Borriello po rozegraniu 7 ligowych meczów doznał kontuzji, która wykluczyła go jednak z gry na kilka miesięcy. 31 października Włoch zdobył oba gole w wygranym 2:0 meczu ligowym z Parmą.