Po odejściu z drużyny Żółtej Łodzi Podwodnej, krótko i bez sukcesów grał jeszcze w Realu Betis i Deportiovo Alaves.
Latem 2004 roku powrócił do Boca. Jego drugi pobyt był równie udany jak i pierwszy - zdobyte trzy mistrzostwa Argentyny i kolejny triumf w Copa Libertadores w 2007 roku. Karierę piłkarską zakończył w wieku 38 lat. Ostatnim rozegranym spotkaniem w karierze zawodnika był ligowy mecz z Gimnasia La Plata (2:2) w którym zaliczył asystę na wagę remisu w ostatniej minucie gry.
Kariera reprezentacyjna W kadrze narodowej zadebiutował w spotkaniu przeciwko Wenezueli w 1999 roku. Napastnik szybko zyskał uznanie trenera Marcelo Bielsy, który powołał go na turniej Copa America w 1999 roku. Palermo zdobył na turnieju trzy golę, a Albicelestes odpali w ćwierćfinale z Brazylią (1:2). Na szczególną uwagę zasługuję jego wyczyn ze spotkania z Kolumbią w którym zmarnował on trzy rzuty karne, dzięki czemu trafił do Księgi Rekordów Guinnessa.