Tym razem w klasyfikacji giganta był drugi, przegrywając tylko ze zdobywcą Pucharu Świata, Hermannem Maierem. W lutym 1998 roku wystąpił na igrzyskach olimpijskich w Nagano. Po pierwszym przejeździe giganta zajmował piąte miejsce, tracąc do prowadzącego Maiera 0,62 sekundy. W drugim przejeździe uzyskał szósty wynik, co jednak dało mu trzeci łączny czas i brązowy medal. Oprócz Maiera von Grünigena wyprzedził jeszcze jego rodak, Stephan Eberharter.
Trzecią w karierze Małą Kryształową Kulę w klasyfikacji giganta zdobył w sezonie 1998/1999. Na podium stawał wówczas pięć razy, w tym zwyciężając w gigancie 20 grudnia w Alta Badia i 14 marca 1999 roku w Sierra Nevada. W klasyfikacji generalnej był ósmy, a wśród slalomistów zajął dziewiąte miejsce. Z rozgrywanych lutym 1999 roku mistrzostw świata w Vail wrócił jednak bez medalu. W swojej koronnej konkurencji był siódmy, a slalom zakończył na dwunastej pozycji. Sezon 1999/2000 był pierwszym od sześciu lat, w którym von Grünigen nie odniósł żadnego pucharowe zwycięstwa. Na podium plasował się czterokrotnie: 31 października w Tignes był drugi, 24 listopada w Vail i 5 lutego w Todtnau trzeci, a 26 lutego w Yongpyong ponownie zajął drugie miejsce w gigancie.