Podczas wojny o niepodległość w 1948 osada znalazła się na linii frontu, a jej obrońcy musieli stawić czoła nacierającym wojskom irackim, które usiłowały w rejonie miasta Natanja przeciąć Izrael na pół. Izraelskie oddziały zdołały odeprzeć arabskie natarcie, a Kefar Jona przez długi czas była najdalej wysunięto w tym rejonie żydowską osadą na wschód. Od 1949 granica z Jordanią przebiegała w odległości 6 km na wschód od miejscowości.
Początkowo w okolicy osady znajdowały się liczne sady cytrusowe, jednak w ostatnich latach, w wyniku szybkiego rozrostu miejscowości, większość tych sadów została zamieniona w osiedla mieszkaniowe. W 1940 Kefar Jona otrzymała status samorządu lokalnego. W dniu 12 lutego 2014 roku otrzymało prawa miejskie.
Demografia Zgodnie z danymi Izraelskiego Centrum Danych Statystycznych w 2008 roku w mieście żyło 15,9 tys.