13 kwietnia napadnięto na klasztory i zamknięto je, zakonników skierowano do „klasztorów koncentracyjnych”, a przeorów uwięziono. 28 kwietnia w Preszowie odbyła się konferencja kościelna, w której uczestniczyło 5 księży i około 300 osób świeckich. Osoby świeckie również przewodniczyły tej konferencji. Konferencja uznała się za sobór greckokatolicki i jednogłośnie podjęła decyzję o zjednoczeniu diecezji z cerkwią prawosławną. Pod koniec maja władze czechosłowackie rozwiązały kościół greckokatolicki na terenie całej Czechosłowacji.
Majątek diecezji i instytucje zostały zagrabione przez państwo, po czym przekazane cerkwi prawosławnej. Księża, którzy odmówili wymuszonego przejścia na prawosławie (283 z 328; później jeszcze 22 odstąpiło od prawosławia), zostali przesiedleni do północnych Czech, nakazano im podjęcie zawodów świeckich. Uwięziono obu biskupów - Pawła Gojdiča, który zmarł w więzieniu w 1960, i Wasyla Hopko, który przeżył uwięzienie, ale ze zniszczonym zdrowiem. Okres formalnego nieistnienia w latach 1950–1968 cerkiew greckokatolicka przetrwała dzięki wiernym i księżom praktykującym w konspiracji.