W 1989 brał po stronie „Solidarności” udział w obradach Okrągłego Stołu w podzespole do spraw nauki, oświaty i postępu technicznego. Był członkiem Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie. W wyborach parlamentarnych został senatorem I kadencji z ramienia KOInformacje na stronie Senatu. [dostęp 2012-06-02].. Zasiadał w Obywatelskim Klubie Parlamentarnym. W latach 1991–1992 był sekretarzem stanu do spraw stosunków międzynarodowych w Urzędzie Rady Ministrów (poprzednik KPRM), od 1 listopada 1991 był p.o. szefa Kancelarii Prezydenta, a od 17 marca 1992 do 11 maja 1995 szefem tego urzędu.
Zmarł 5 kwietnia 2000 w Poznaniu, gdzie został pochowany na cmentarzu Zasłużonych Wielkopolan.
Publikacje Janusz Ziółkowski był autorem około 130 prac naukowych z dziedzin takich jak socjologia miasta, rozwój gospodarczy, religia, demografia. Opublikował m.in.: Sosnowiec – drogi i czynniki rozwoju miasta przemysłowego (1960), Urbanizacja, miasto, osiedle (1965), Poznań – społeczno-przestrzenne skutki industrializacji (red.; 1967), Socjologia i planowanie społeczne (red.; 1972), Czym jest dla Ciebie miasto Poznań?