Pierwsze rzeczywiste działania ochronne podjęto w rejonie wigierskim dopiero w latach 50. w celu ochrony bobrów (wówczas praktycznie w Polsce wyniszczonych), które przybyły tam z terenów Związku Radzieckiego. W 1959 r. utworzono rezerwat pod nazwą „Ostoja bobrów Stary Folwark” o pow. 120 ha, obejmujący ujście rzeki Czarna Hańcza do Wigier wraz z częścią tafli jeziora. Drugi rezerwat, również dla ochrony bobrów, pod nazwą „Ostoja bobrów Zakąty” powołano w 1961 r. Obejmował on niewielkie jeziorko (7 ha powierzchni) Zakąty na południowym obrzeżu Wigier. W 1970 r. powstał maleńki (2 ha) rezerwat „Wądołek”, powołany dla ochrony małego jeziorka z pływającymi wysepkami torfowymi wraz z otaczającym je torfowiskiem.
Rozgłos, jaki nadała Wigrom jeszcze przedwojenna Stacja Hydrobiologiczna spowodował, że w latach 70. jezioro włączono do międzynarodowego „Projektu Aqua”, mającego na celu inwentaryzację i objęcie ochroną najcenniejszych z punktu widzenia nauki akwenów świata.
Przełomowym wydarzeniem dla ochrony przyrody Wigier była uchwała ówczesnej Wojewódzkiej Rady Narodowej w Suwałkach z dnia 12 stycznia 1976 r., powołująca Wigierski Park Krajobrazowy o powierzchni 10940 ha (z tego 2750 ha stanowiły wody, 6200 ha lasy, a 1990 ha torfowiska, łąki i pola uprawne).