W latach 2007–2009 stwierdzono występowanie na terenie parku 830 gatunków grzybów wielkoowocnikowych. Podczas tego monitoringu znaleziono 111 nowych gatunków grzybów dla Pienin. Teren Pienin jest jednym z najlepiej przebadanych przyrodniczo terenów. Fakt znalezienia tak licznych nowych na nim gatunków pokazuje, jak wiele jeszcze potrzeba do pełnego zbadania tej grupy organizmów.
W Pienińskim Parku Narodowym, położonym w centralnej części Pienin, dominują gleby litogeniczne wapniowcowe, obejmujące ponad 60% powierzchni. Wśród nich znajdują się rędziny i pararędziny, charakteryzujące się różnym stopniem rozwoju. Gleby brunatnoziemne zajmują około 30% obszaru parku, natomiast pozostałe 10% przypada na gleby hydrogeniczne i aluwialne.
Fauna Urozmaicony teren i różnorodność warunków środowiskowych sprawia, że również świat zwierząt jest ciekawy. W Pieninach naliczono ponad 7 tys. gatunków zwierząt, w tym ok. 235 gatunków kręgowców. Z większych ssaków występują: borsuk, dzik, jeleń, ryś, żbik, kuna leśna, sarna. Dzięki występowaniu jaskiń, w których mogą zimować, bogata jest fauna nietoperzy, obejmująca aż 15 gatunków. Najliczniejszy wśród nich jest rzadki już w Europie podkasaniec mały. Z rzadkich gryzoni żyjących na obszarze występuje mysz małooką, reprezentującą element fauny stepowej.