Współpracował również z Krystyną Prońko, Tomaszem Stańką, Jorgosem Skoliasem, Krzysztofem Ścierańskim, Apostolisem Anthimosem, Jerzym Piotrowskim i Ewą Urygą.
W 1999 roku wziął udział w nagraniu pierwszego albumu zespołu Golec uOrkiestra. Następnie występował w koncertowym składzie grupy.
Działalność autorska Pierwszy autorski album, I’m Believing, wydał w 1996 roku. W 1999 roku utworzył Grzegorz Kapołka Trio i nagrał z nim album Blue Blues. Kolejną płytę zespołu, Blue Blues II, nagrano w poszerzonym składzie, między innymi z udziałem Tomasza Stańki.
Wydany w 2008 roku album Blue Blues 3 otrzymał nominację do nagrody Fryderyk 2009 w kategorii Album Roku Blues.
W 2019 roku nakładem Metal Mind Productions ukazał się album Super Blue Blues. Kapołce towarzyszyli basista Linley Marthe i perkusista Gregory Hutchinson. Na płycie znalazło się osiem kompozycji, w tym nowe opracowania utworów pochodzących z wcześniejszych albumów gitarzysty.
W październiku 2019 roku Grzegorz Kapołka Trio zarejestrowało koncert w siedzibie Narodowej Orkiestry Symfonicznej Polskiego Radia w Katowicach. Nagranie ukazało się w 2022 roku na albumie Live at NOSPR.