Dzięki temu cząsteczki MHC klasy II uczestniczą w pobudzeniu innych komórek, za pośrednictwem limfocytów T pomocniczych. Prezentacja krzyżowa jest mechanizmem umożliwiającym pobudzenie zarówno limfocytów Th, jak i limfocytów Tc, przy czym biorą w niej udział zarówno cząsteczki MHC klasy I, jak i klasy II. Nie jest to jednak prosta kombinacja dwóch poprzednio wymienionych rodzajów prezentacji antygenu. Zachodzi ona w charakterystyczny sposób z udziałem określonych komórek, które prezentują antygeny jednocześnie na MHC obu klas i nie są likwidowane przez limfocyty Tc.
Komórka prezentująca antygen to taka, która dokonuje prezentacji antygenu limfocytom T poprzez białka MHC klasy I lub klasy II.
Prezentacja antygenu poprzez MHC klasy I Obróbka antygenu Ze względu na fakt, że antygeny prezentowane przez białka MHC nie są kompletne, lecz stanowią fragmenty natywnych antygenów, muszą one najpierw podlegać odpowiedniej obróbce. W przypadku białek MHC klasy I prezentowane są antygeny wewnątrzkomórkowe, a na ich przetwarzanie składają się następujące kroki: