Tabela końcowa Apertura 1999 Poz Klub Mecze Zw Rem Por Pkt BrZd BrStr1 Club Olimpia10 8 2 0 26 26 82 Sportivo Luqueño10 6 3 1 21 22 133 Cerro Porteño10 5 4 1 19 21 124 Club Guaraní10 4 4 2 16 16 125 Club Sol de América10 4 3 3 15 13 96 Sportivo San Lorenzo10 3 4 3 13 15 147 Atlético Colegiales10 4 1 5 13 16 198 12 de Octubre Itaugua10 2 5 3 11 11 129 Cerro Corá Asunción10 2 3 5 9 17 2310 Club Presidente Hayes10 0 4 6 4 10 2211 Resistencia SC10 0 1 9 1 6 29 Legenda:Liguilla
Przed Liguillą czołowe 6 klubów otrzymało dodatkowe bonusy w zależności od zajętego miejsca – klub na pierwszym miejscu otrzymał 3 punkty, na drugim – 2,5 punktu, na trzecim – 2 punkty, czwarty – 1,5 punktu, piąty – 1 punkt i szósty – 0,5 punktu.
Liguilla Apertura Data Mecz9 maja 1999 Cerro Porteño – Atlético Colegiales 1:49 maja 1999 Club Guaraní – Sportivo Luqueño 2:09 maja 1999 12 de Octubre Itaugua – Club Sol de América 2:09 maja 1999 Sportivo San Lorenzo – Club Olimpia 2:216 maja 1999 Cerro Porteño – Club Guaraní 2:116 maja 1999 Atlético Colegiales – Sportivo Luqueño 2:016 maja 1999 Club Olimpia – 12 de Octubre Itaugua 2:116 maja 1999 Sportivo San Lorenzo – Club Sol de América 0:223 maja 1999 Club Sol de América – Club Olimpia 2:523 maja 1999 12 de Octubre Itaugua – Sportivo San Lorenzo 2:123 maja 1999 Sportivo Luqueño – Cerro Porteño 0:123 maja