W 1984 roku firma ROIR wydała kasetę z koncertem Flippera nagranym w klubie CBGB w Nowym Jorku pt. Blow’n Chunks. Działalność zespołu w tym czasie stopniowo zanikała. W 1987 roku w wyniku przedawkowania narkotyków umarł Shatter. W następnym roku wydano składankę z największymi „hitami” zespołu pt. Sex Bomb, Baby!.
W 1990 zespół przypomniał się singlem „Someday” i powrócił do czynnego grania. W miejsce Shattera zaangażowano Johna Dougherty. Zespół grał aż do 1995 roku, kiedy to zmarł Dogherty (jego poprzednik przedawkował narkotyki). Ale zanim do tego doszło to w 1993 roku Flipper wydał kolejną płytę studyjną American Grafishy.
Po dziesięciu latach muzycy po raz kolejny reaktywowali zespół (z Bruno DeSmartassem na gitarze basowej) i wystąpili 22 i 28 sierpnia 2005 roku w klubie CBGB. W grudniu 2006 DeSmartass został zastąpiony przez byłego basistę Nirvany Krista Novoselica.