Po powrocie z Azji w 1955 okręt został wycofany do rezerwy i przesunięty do Floty Rezerwowej Stanów Zjednoczonych bardziej znanej pod nazwą mothball fleet (naftalinowa flotaNaftalinowa flota – nazwa sugerująca zakonserwowanie jednostek, w przenośni, naftaliną środkiem owadobójczym przeciw molom tak, jak konserwuje się nieużywaną odzież w szafie.). W 1984 został zmodernizowany i przywrócony do służby w ramach planu marynarki 600 okrętów (ang. 600-ship Navy), a w 1991 uczestniczył w działaniach wojennych w Zatoce Perskiej.
Po raz ostatni USS „Missouri” został wycofany ze służby 31 marca 1992. Podczas całej służby okręt uzyskał 11 „gwiazd bojowych” (ang. battle star) za udział w misjach bojowych od II wojny światowej przez konflikt w Korei, aż do działań w Zatoce Perskiej. Ostatecznie w styczniu 1995 wykreślono okręt z Rejestru Okrętów Marynarki Wojennej (ang. Naval Vessel Register), a następnie skierowano do Pearl Harbor na Hawajach, gdzie od 1999 pełni rolę okrętu-muzeum, pozostając pod opieką Towarzystwa Pamięci USS „Missouri” (ang. USS Missouri Memorial Association – MMA).