Fauna Ichtiofauna jest uboga, tak gatunkowo, jak i liczebnie, autochtoniczne dla tego obszaru są tylko cztery gatunki: najliczniejszy pstrąg potokowy i bardzo rzadko spotykany: głowacz pręgopłetwy, głowacz białopłetwy oraz minóg strumieniowy. Trzy ostatnie występują głównie w otulinie parku. Ponadto w zbiorniku zaporowym na Czerwonej Wodzie stwierdzono pięć gatunków, które zasiedliły ten akwen dzięki zarybieniu: krąp, lin, okoń pospolity oraz płoć, a także introdukowany karaś srebrzysty. Jeden raz stwierdzono także kiełbia w strumieniu Cicha, jest to gatunek obcy dla tego terenu, sztucznie wprowadzonyWitkowski A., Skórzewski G., Stefaniak J., Kotusz J., 2018: Chronione gatunki minogów i ryb Parku Narodowego Gór Stołowych. Przyroda Sudetów, 21: 181-188.
W rozległych, zwartych kompleksach leśnych na terenie Parku Narodowego Gór Stołowych pospolicie występuje jeleń, dzik, sarna, lis rudy, wiewiórka (czarnej i rudej odmiany) oraz drobne gryzonie. Trudniejsze do zauważenia – głównie ze względu na nocny tryb życia – są należące do łasicowatych: borsuk europejski, kuna leśna, tchórz, łasica pospolita i gronostaj europejski. Ze ssaków owadożernych częsty jest jeż, a rzadkie ryjówka malutka i typowa dla obszarów górskich ryjówka górska.