5 lutego 1954 został aresztowany pod zarzutem przestępczego spisku mającego na celu popełnienie oszustwa na szkodę rządu Stanów Ziednoczonych. Rząd Peru w międzyczasie zakończył nielegalne wielorybnictwo floty przedsiębiorcy, angażując w to swoją marynarkę wojenną.
W 1953 nabył spółkę obrotu nieruchomościami Society des Bains de Mer et Cercle des Entragers, która posiadała m.in. 1/3 ziemi księstwa Monako. W 1957 został właścicielem i zarządcą greckiej kompanii lotniczej TAE, której nazwę z czasem zmienił na Olympic Airways; w styczniu 1975 sprzedał firmę greckiemu rządowi za 69 mln dol.. Wybudował blok mieszkalny Olympic Tower w Nowym Jorku.
W 1968 wypłacił palestyńskiemu terroryście Mahmoudowi Hamshariemu ponad 1 mln dol. rzekomo za ochronę swoich linii lotniczych; pieniądze kilka miesięcy później zostały wykorzystane do zamachu na Roberta F. Kennedy’ego, do czego Onasis miał przyznać się m.in. swojej pierwszej żonie, córce i kochance, Hélène Gaillet de Neergaard.