W grudniu tegoż roku został kanonikiem kapituły warmińskiej, w której pełnił następnie (od 1935) funkcję dziekana i kustosza.
Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Fromborka w lutym 1945 został aresztowany i zmuszony do sporządzenia opisu i pakowania paramentów liturgicznych. Do czerwca 1945 pozostawał w areszcie w Pasłęku, następnie wyjechał do Olsztyna, gdzie pod nieobecność biskupa Kallera próbował wykonywać obowiązki administratora diecezji warmińskiej. Spotkało się to z niechęcią lokalnych władz i pod koniec lipca 1945 ks. Marquardtowi nakazano opuszczenie diecezji. Tuż przed wyjazdem Marquardt wspólnie z kanonikami Franzem Heyduschką i Bruno Schwarkiem przekazał obowiązki administratora diecezji ks. Janowi Hanowskiemu, proboszczowi przy katedrze olsztyńskiej, w charakterze wikariusza kapitulnego.
W ostatnich dniach lipca 1945 ks. Aloys Marquardt wyjechał do Berlina, gdzie już po pół miesiąca został zatrzymany przez Rosjan i wywieziony do Moskwy. Przez kilka lat przebywał w więzieniach bez wyroku, ostatecznie stanął przed sądem w styczniu 1951 i został oskarżony o szpiegostwo na rzecz Watykanu. Na prawie pięć lat został zesłany do obozu Aleksandrowsk na Syberii. W diecezji warmińskiej był uważany za nieżyjącego, co wyraziło się m.in.